MSP získavajú špeciálnu pozornosť s cieľom podporiť ich účasť v aktivitách jednotlivých tematických oblastí. Hlavne v integrovaných projektoch, sieťach excelencie a projektoch cieľovo orientovaného výskumu. Očakáva sa, že touto formou budú MSP čerpať minimálne 15% z rozpočtu siedmich tematických priorít.
Ďalej sú dve špecifické schémy pre MSP, ktoré im umožňujú aktívne rozvíjať inovácie bez toho, aby mali odpovedajúce vlastné výskumné kapacity. Ide o schémy "kolektívny výskum" a "kooperatívny výskum" ( CRAFT). Ich prostredníctvom budú môcť MSP, ale aj podnikateľské skupiny zadať výskumnú prácu výskumným inštitúciám ( výskumným ústavom, univerzitám, atď.) a riešiť tak svoje konkrétne vývojové a inovačné problémy.
Akcie zamerané na MSP sú otvorené organizáciám z tretích krajín s podstatným finančným príspevkom zahrnutým v rozpočte. Tým sa posilňuje medzinárodný rozmer 6.RP